Действието на „Ghost of Tsushima“ се развива 300 години след аплодирания от критиката „Ghost of Yōtei“ и е самостоятелно приключение, развиващо се в селските райони на Япония през 17-ти век. Историята проследява обитаван от духове, самотен наемник на име Atsu. Жадна за отмъщение, тя пътува през красивите, сурови пейзажи на Северна Япония, преследвайки онези, които са убили семейството ѝ много години по-рано.
Шестнадесет години след смъртта на семейството ѝ, пътуването на Atsu през Езо я отвежда в неизследвани земи в търсене на банда от шестима престъпници, но тя намира много повече от отмъщение.
По време на пътуването си Ацу ще открие неочаквани съюзници и по-силни връзки, отколкото би могла да си представи.