Le Haut Conseil de la santé publique recommande, pour le diagnostic de l’infection à SARS-CoV-2 par RT-PCR, les prélèvements naso-pharyngés en priorité, réalisés par des opérateurs formés à cette technique. Les prélèvements oropharyngés postérieurs constituent une alternative.

L’évaluation des tests moléculaires à partir de prélèvements de salive doit être poursuivie ; les crachats ne représentent pas un type d’échantillons suffisamment standardisé pour être recommandé dans le cadre du diagnostic du Covid-19

Le HCSP encourage l’évaluation rigoureuse de toute nouvelle technologie permettant un diagnostic accéléré avec une sensibilité clinique acceptable.

S’agissant du poolage des échantillons, le HCSP, après avoir actualisé la bibliographie considère qu’il n’y a aucun élément nouveau modifiant la recommandation de ne pas mettre en œuvre cette pratique depuis son avis du 10 mai 2020. Recommander cette pratique à l’heure de l’augmentation de la circulation du virus SARS CoV-2 serait au contraire de nature à allonger les délais de réponse des échantillons positifs avec un risque majoré de résultats rendus faussement négatifs du fait de la baisse de sensibilité par la technique de poolage des échantillons.

Une réflexion multidisciplinaire (virologues, cliniciens, épidémiologistes, praticiens de 1 ère ligne, médecins de santé publique) est recommandée afin de déterminer la perte de sensibilité analytique acceptable au regard des modalités de prélèvements (auto-prélèvements notamment) et/ou des techniques permettant de répondre aux exigences de santé publique en termes de volume de dépistage et de raccourcissement des délais de rendu des résultats.