Le HCSP émet des recommandations relatives au dépistage du SARS-CoV-2 par RT-PCR en pool (groupage des échantillons testés).

Compte tenu de contraintes organisationnelles (composition de groupe d’échantillons, délai de rendu des résultats) et de limites techniques (perte de sensibilité pour les échantillons faiblement positifs), le HCSP ne recommande pas la pratique du dépistage du SRAS-CoV-2 par RT-PCR par groupage d’échantillons testés. La détection du génome viral par RT-PCR individuelle dans les indications recommandées par le HCSP doit être la règle. Le HCSP souhaite toutefois que la technique de séquençage à haut débit qui permet de tester un grand nombre d’échantillons puisse être évaluée comme alternative à ce dépistage unitaire.