L’évaluation, inscrite dans le Plan cancer 2009-2013, incombe au HCSP pour les axes  « observation », « prévention et dépistage », « soins », « vivre pendant et après le cancer », et à l’AERES pour l’axe « recherche ».

Ce Plan a permis une consolidation des orientations du Plan cancer 2003-2007. Il  s’oriente principalement vers des efforts de recherche et d’innovation intégrant leur « transfert » au système de santé, une meilleure prise en compte des inégalités de santé face au cancer, un renforcement de la coordination des soins, de nouvelles initiatives sanitaires et médico-sociales pour mieux accompagner les personnes dans la « vie pendant et après le cancer ». Il contient des innovations essentielles qui concernent le parcours personnalisé du patient et le volet social, ainsi que l’introduction de thèmes transversaux à vocation structurante.

Cependant, à mi-parcours du Plan, l’évaluation a mis en évidence que les thèmes transversaux  mis en avant que sont les inégalités sociales, les inégalités territoriales, le rôle du médecin traitant, ainsi que le développement des systèmes d’information, ont été insuffisamment pris en compte dans la mise en œuvre et le suivi des mesures et actions, limitant potentiellement les effets à terme du Plan ainsi que les possibilités de les évaluer. Les recommandations formulées visent à améliorer la gouvernance du Plan et ses capacités à intégrer ces objectifs transversaux dans les réalisations en cours. Elles visent aussi à mieux identifier les besoins de la future évaluation finale, qui doivent être anticipés.