Covid-19 : le laboratoire du CHRU Bretonneau à Tours scrute le variant Omicron

Le nouveau variant Omicron préoccupe beaucoup, car il est très contagieux. Preuve en est : il est désormais largement majoritaire en France, indique ce jeudi soir Santé publique France dans son point hebdomadaire. Il représente plus d'un cas positifs sur six cette semaine. "62,4% des tests criblés montraient un profil compatible avec le variant Omicron", précise SPF. Le 13 décembre dernier, il représentait seulement 15% des cas positifs.

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En Indre-et-Loire, Omicron représentait 13,2 % des cas de variants détectés, au 19 décembre, selon les dernières données de Santé Publique France. Pour mieux l'identifier, le laboratoire Emergences du CHRU Bretonneau à Tours réalise un séquençage.

30 à 40 échantillons séquencés chaque semaine

Un séquençage réalisé par le laboratoire depuis mars 2021. Tous les tests positifs de la région Centre-Val de Loire ne sont pas analysés, ils sont beaucoup trop nombreux, mais 30 et 40 échantillons sont séquencés par semaine, sur les quelques 400 tests PCR positifs quotidiens. 

On séquence aussi les cas graves et les échappements vaccinaux, ces personnes vaccinées qui attrapent quand même le COVID - Lynda Handala, virologue au CHRU de Tours

Les ingénieurs, sur indications de l'Agence régionale de Santé (ARS) notamment, priorisent. "Ce sont par exemple des patients immuno-déprimés infectés par le SRAS COV 2. Cela permet ensuite d'adapter la thérapie", explique Lynda Handala, virologue au CHRU de Tours. Les équipes séquencent aussi un échantillonnage de prélèvements positifs pour donner une image de ce qui circule dans la population. "Et on séquence aussi les cas graves et les échappement vaccinaux, ce sont ces personnes vaccinées qui attrapent quand même le COVID. C'est en général des infections bégnines, mais on s'intéresse à ces cas pour savoir si un variant en particulier est responsable de cet échappement vaccinal". 

Le séquençage, dernière étape pour identifier un variant

Le séquençage est, après le criblage, la dernière étape qui permet de déterminer un variant. Les échantillons arrivent des hôpitaux du département, d'Orléans, de Blois et de Châteauroux. Ils sont ensuite lus par Minion, une machine pas plus grande qu'une tablette qui analyse l'échantillon. 

Il y a un an, le service virologie n'avait pas la possibilité de séquencer et les échantillons étaient envoyés à Paris. Depuis mars 2021, le CHRU est plus indépendant, "plus réactif", ajoute Thibault Guinoiseau, ingénieur au laboratoire. 

Les ingénieurs du laboratoire Emergences déposent ensuite ces données sur une base mondiale, Gisaid, pour suivre les évolutions du virus et des variants dans le temps et dans l'espace.