スカリーが意識不明に陥り、恐るべき事態が起きる幻覚を見る。彼女はその幻覚が、息子ウィリアムが伝えてきた未来の出来事だと知り、それが起きるのを防ぐため、モルダーにスモーキング･マンを探すよう訴える。また、モルダーの異母弟ジェフリーは謎の集団に襲われ、彼らがウィリアムを捜していることを知り、スカリーにそれを伝える。一方、モルダーは尾行車を逆に追跡し、スモーキング･マンとは別の新たな陰謀組織の存在を知る。
タッド･オマリーがニュース配信を再開し、異星人のDNAに関する陰謀を告発した。その直後、モルダーが失踪。病院には、各種の感染症にかかった患者があふれ始める。スカリーは、全国民が何らかの方法で免疫機能を奪われ、どんな病原体にも抵抗がなくなったものと考えて治療法を探る。そこへ、昔の友人から電話が入る。
美術館で自爆テロが発生。瀕死の爆破犯から情報を聞き出せれば連続テロを防げると考えた担当捜査官のミラーは、超常現象に詳しいモルダーならその方法を知っているかと、相棒のアインシュタインと共にXファイル課を訪ねる。モルダーとスカリーは、昔の自分たちを彷彿とさせる若いコンビにそれぞれの方法で協力を申し出る。
ルイスがベンソンを連れ去って2日。ようやくSVUが異変に気づいた。弁護人メイヤーから、昨日、両親の家へ彼を連れて行ったとの情報を得て、フィンたちが踏み込んだところ、メイヤーの父親の遺体を発見。母親はレイプされ拷問されていたがまだ息があった。SVUはベンソンの生存を信じ総力を挙げて捜索するも、行方は分からない。一方ルイスはこれまでの犯行と同様に、たっぷり時間をかけてベンソンをいたぶるための理想的な場所を探していた。
ある週末、SVUの面々はそれぞれに休日を楽しんでいた。公園にいたロリンズは、外国人旅行者に性器を露出していた男、ウィリアム･ルイスを逮捕する。ルイスはIDを持たず、両手の指をコンロで焼いており、指紋から犯罪歴を調べることができない。ルイスの不気味な雰囲気に、ロリンズはただならぬ異常性を感じ、SVUのメンバーを署に呼び出す。