ブースの友人で警察官のケン･ナカムラが東京から半狂乱で電話をよこし、彼の妹サチがワシントンで行方不明になっていると告げる。ブースとブレナンが捜査を開始したところ、用水路でサチの切断された頭部が見つかる。
シェルドンと口論になったレナードはペニーの部屋へ逃げ込む。シェルドンの変人ぶりについてペニーに同意を得ようとするが、ペニーはシェルドンと一緒に住んでいるレナードこそ変人だと答える。そこで、レナードはシェルドンやハワートやラージとの出会いを語り始める・・・。
アビーは殺人事件の捜査で製薬会社を訪れるが、会社のビルが武装集団に乗っ取られ、そこにいた全員が人質となる。アビーは外部との通信もできない状態で閉じ込められてしまい…。
民間の技術者がキャンピングカーの爆発に巻き込まれて死亡する。彼はミサイル駆逐艦のシステムを開発しており、設計図が流出した恐れがあるためNCISが捜査を開始。被害者の部下が東京行きの航空券を予約していたことが分かり、カレンとサムが同じ便に乗って監視することに。一方、現場で発見された爆弾が映画などの撮影で使われるタイプだったため、ケンジーとディークスは爆弾に詳しいサムの知人に話を聞きに行く。